Nicht nur in den vier Nationalparks und 31 Naturreservaten hat sich die natürliche Vegetation erhalten. In den Mischwäldern und Sumpfgebieten lebt noch eine artenreiche Tierwelt. Wölfe, Bären, Elche, Luchse und Seeadler gehören zu den in Estland vorkommenden großen Wildtierarten. Die von der EU geforderte Ausweisung zusätzlicher Naturschutzgebiete (Natura 2000) trifft auf den Widerstand der betroffenen Landeigentümer. Gleichzeitig formiert sich eine Umweltbewegung, der bereits in einigen Fällen die Verzögerung umweltschädlicher Projekte, z. B. bei dem geplanten Tiefwasserhafen für Kreuzfahrtschiffe auf der Insel Saaremaa, gelang.

Bei der Verbrennung von Ölschiefer, die etwa 90% der Strom- und Wärmeversorgung sichert, entstehen 88% des Gesamtausstoßes an Stickstoff und 95% des Staubs (feste Partikel) in Estland. Die Modernisierung der Großkraftwerke wurde mit Hilfe ausländischer Finanzmittel, u. a. mit einem Darlehen der Kreditanstalt für Wiederaufbau in Höhe von 90 Mio. EUR, bereits begonnen. 60% des verbrannten Ölschiefers bleiben als Asche zurück, die auf Halden gelagert wird. Hinzu kommt das Problem der Landschaftszerstörung durch die Tagebaue, in denen der Ölschiefer gewonnen wird. Bis zum Jahr 2012 läuft die im Rahmen des EU-Beitritts festgelegte Übergangsfrist, bis zu deren Ablauf der Ölschiefersektor in Estland restrukturiert sein soll. Auf dem Weg dorthin werden die großen Kraftwerke modernisiert, um europäischen Standards bei Effizienz und Schadstoffausstoß gerecht zu werden.